Βασικός στόχος του έργου του Φορέα Διαχείρισης Εθνικού Δρυμού Αίνου είναι η προστασία, διαχείριση και ανάδειξη των Προστατευόμενων Περιοχών Κεφαλονιάς-Ιθάκης.